育て屋に色違いのポケモンを預けると
そこから孵ったタマゴから色違いが生まれる可能性がありますが、
その仕様は正直、製作者は意図しなかったのではと思います。
理由は、端的に言えば親子関係の配合を嫌った仕様の裏を突いただけだと思います。
生まれたポケモンの個体値の一部はオスだと母親の個体値の一部を受け継ぎ、
メスだと父親の個体値の一部を受け継ぎます。
なお、メタモンの場合は必ずメタモンの個体値の一部を受け継ぎます。
そしてその個体値の一部が一致しているポケモン同士を配合すると、
げんきいっぱいだ、と出てタマゴが発見されない仕様があります。
色違いは第二世代だと、個体値で決まるので、
その仕様の裏を突いただけだと思います。
余談ですが、色違いと親子関係が証明できれば、別に色違いでなくてもいいみたいです。
ただ、サワムラーやケンタロスのようにオスしかいないポケモンや、
色違いのメタモンあるいは、
色違いと親子関係の証明できたメタモンが必須です。
第三世代以降そのような仕様がない事も
製作者は意図しなかったと思う理由のひとつです。